畸形菇的表現形式是多種多樣的，生產上常見的主要有：地雷菇、空心菇、大屁股菇、硬開傘和早開傘、紅根、水銹斑。
　　地雷菇。形成的原因主要是覆土材料過粗，土質偏硬，覆土較厚，覆土層表層含水較少，而其下部及基料的溫濕條件又適合子實體發生和生長，故易在料表或覆土層中下層分化形成子實體，然后鉆出土面。解決辦法：選取優質腐殖土，可按比例摻入一定量的腐熟牛糞或麥糠、稻殼等；在取土、曬土及處理過程中，應予過篩，使土粒大多保持與小麥粒大小相當，最大的可有玉米粒的1/2左右，并伴有部分土粒；覆土不必過厚，一般3厘米左右即可，并注意使其保持相應均勻的含水率。
　　空心菇。是由于覆土層含水不足，或基料含水偏低，使菇體對維持正常生長的水分的需求得不到滿足而形成的。除解決覆土層含水問題外，適當的棚濕是有效的輔助手段，一般可調控在85％-90％的范圍內，過高過低均不利。
　　大屁股菇。形成的原因是棚溫驟升驟降，溫差幅度大，或受冷、熱空氣襲擊，菌蓋菌柄生長不平衡；或因棚濕過低，而覆土層含水適宜等原因，均可發生大屁股菇。此外，某些化學藥物也可導致該種畸形菇的發生。
　　硬開傘。形成的原因是菇室晝夜溫差超過10℃以上，或遇冷空氣襲擊造成的硬開傘。出菇密度過大，溫度過高，濕度過低以及子實體生長快而柄細蓋薄等，均會造成早開傘。防止方法是在溫度聚變時房外加蓋帳簾，保持室內溫濕度的基本穩定。
　　紅根。出菇前高溫階段用水過多，覆土層含水量過大，培養料偏酸以及追施糖料過多、通風不良等都可能形成紅根。應注意使覆土的含水量保持在22％-25％之間，避開高溫時噴水。追肥要適當，糖分要適量。如發現紅根，可適當噴些石灰清水。
　　水銹斑。在蘑菇多次噴水后，要求打開門窗0.5-1小時通風換氣，以保持室內空氣新鮮。否則，菇房內濕度過大，就會使蘑菇表面滯留小水滴，時間稍長形成鐵銹色斑點。