蘑菇
　　 當蘑菇長到3--4cm時應及時采收，以防開傘或者降低商品性。采摘時用手捏住上部，輕輕旋轉扭下，不能破壞土層，一潮菇可采收7天左右，經過3--4潮可基本出菇完畢，此時也進入低溫階段，出菇量大大降低，便開始清理菇棚。
　　 猴頭菇
　　 當子實體開始散發孢子，顏色清白，直徑達7－10厘米時要及時采收。用小刀從瓶口內切下，蒂不要留得太長，以免引起雜菌感染。采收后保鮮不可超過12小時，也可曬干或60℃烘干，再用雙層塑料袋貯藏。
　　 姬松茸
　　姬松茸從播種至采菇需35～45天，顯蕾后持續出菇2～3個月。姬松茸子實體生長迅速，容易開傘與變色，因此要適時采收。高峰期每天采收2～3次。姬松茸以菌蓋尚未開傘，表面淡黃色，有纖維狀鱗片，菌幕尚未破裂時采收為宜。若過熟采收，菌褶會變黑，降低商品價值。采收時，用手緊捏菌柄的中部輕輕拔起(莫傷周圍幼菇)，隨即用小刀刮除菌柄基部腐草、泥沙等雜質。
　　雞腿菇
　　雞腿菇子實體成熟的速度快，必須在菇蕾期菌環剛剛松動，鐘形菌蓋上出現反卷毛狀鱗片時采收。若在菌環松動或脫落后采收，子實體在加工過程中會氧化褐變，菌腐甚至會自溶流出黑褐色的孢子液而完全失去商品價值。
　　真姬菇
　　真姬菇長到一定標準時，即菌蓋1.5～4厘米時就應及時采收。采收時，一手按住菌柄基部培養料，一手握住菌柄，輕輕地將整叢菇擰下。第一潮菇采收完后，及時清除料面上殘留的菌柄、碎片和死菇，并進行補水管理。大約15天左右第二潮菇蕾就會形成，如前所述繼續管理，就可采收第3、4潮，有的可采收第5潮菇。
　　阿魏菇
　　阿魏菇開袋(瓶)后10～12天，菌蓋完全開展時就及時采收。采收過早，產量低，過遲則品質下降。一般只采收一次。
　　杏鮑菇
　　杏鮑菇采收標準應根據市場需要而定。出口菇要求菌蓋4-6厘米，柄長10厘米左右。國內市場要求不嚴格，一般掌握菌蓋平整、孢子尚未彈射為采收適期。杏鮑菇頭潮菇產量約占總產量的40%-60%，采收后15天左右可出第二潮菇，整個生育期可采收3-4潮，后幾潮菇質量相對較差。