利用害蟲的習性進行防冶:
　　1、對菌蚊進行人工捕捉。
　　2、將發生癭蚊的菌袋放在陽光下曝曬1－2小時或撒上石灰粉。
　　水浸法防治。瓶栽和袋栽的可將水注入瓶、袋內，塊栽的可將栽培塊浸入水中壓上重物，浸泡2-3小時。浸泡后的瓶、袋瀝干水后放回原處。
　　誘殺:
　　1、對蚊蟲蛾用黑光燈或節能燈誘殺。方法是在燈下的盆內放入0.1%的敵敵畏，害蟲落入盆中即被殺死。
　　2、對黏蟲可在強光燈處放置涂抹了40%聚丙乙烯的粘蟲板。
　　曲霉的防治:
　　1、及時清除廢料。
　　2、瓶裝料時不能與瓶接相接。裝瓶完畢后洗凈瓶口除去雜物，保持棉塞清潔。
　　3、施用5毫克/升的多菌靈，但必須在蘑菇采收完后施用。
　　綠霉的防治:
　　1、降低菇房的溫度和濕度，加大通風量，用草木灰覆壓有霉菌的地方，阻止霉菌孢子飛揚。
　　2、取生石灰9份，多菌靈一份，水適量拌勻，灌刷霉菌處。
　　3、生料栽培時，每100公斤干料中添加克霉靈100克，可徹底防止霉菌滋生。
　　4、在霉菌處撒上高錳酸鉀顆粒后在其外圍噴水。
　　5、用5%的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排除石灰水，補上新料。
　　6、在霉菌處涂刷95%的酒精或火油，點火將其燒掉，然后挖除，填補新料。
　　對細菌的防治:
　　1、培養基滅菌要徹底，滅菌時溫度、壓力、時間要達到要求。
　　2、培養基做好后，在30℃的培養箱內放置一天后再用，以確保無細菌感染。
　　3、培養基內可加入抗生素，一般以每毫升100-200單位為宜。