要生產出優質高產的靈芝，菌種是關鍵。靈芝菌種的好壞直接影響到靈芝的栽培，菌種一旦發生病蟲害，不僅使靈芝生產成本增加，延誤生產日期，還會為菌種的再生產留下許多隱患。因此，菌種發生了污染，必須及時采取各種措施加以控制和防治，防止繼續蔓延，污染嚴重的，應予以報廢。為了提高靈芝的產量和品質，獲得更大的經濟效益，掌握菌種病蟲害的防治和管理技術是非常必要的。
　　靈芝菌種常見病蟲
　　(一)根霉(rhizopus stoloifer)根霉又稱旬枝根霉，黑色面包霉。
　　1．分類地位：根霉隸屬接合菌亞門，毛霉目，根霉屬。
　　2．形態形征：根霉菌絲無色透明，無隔膜，不長氣生菌絲，只產生弧形的甸甸菌絲，稱為假根，有抱子囊產生泡囊。
　　3．生活習性：根霉屬中溫喜濕性雜菌，20-25度下生長快速。
　　4．傳播途徑：主要以抱囊抱子通過空氣、培養料等進行傳播。
　　5．危害特征：
　　(1)根霉分布廣，適應性強；
　　(2)根霉分解淀粉能力強，基質中呈黑色顆粒狀霉層。
　　曲霉(aspergillus spp.)
　　1．分類地位：曲霉隸屬半知菌亞門，絲孢目，曲霉屬。
　　2．形態特征：曲霉菌絲透明，有分枝和分隔，有分生孢子梗，能產生分生孢子。曲霉顏色有多種：綠色、黑色、黃色、褐色等。
　　3．生活習性：適于曲霉生長的溫度為20-35度，相對濕度為65％-85％之間，ph值近中性。
　　4．主要種類：主要有黃曲霉、黑曲霉、灰綠曲霉、煙曲霉等。
　　5．傳播途徑：曲霉主要以分生孢子通過空氣傳播。
　　6．危害特征：
　　(1)曲霉種類多，生長快速；
　　(2)它能與靈芝菌絲競爭基質營養，影響菌絲生長；
　　(3)曲霉能隔絕氧氣，使靈芝菌絲缺氧，抑制菌絲生長；
　　(4)曲霉能分泌有機酸和毒素，毒殺靈芝菌絲。毛霉(mucor spp.)毛霉俗稱長毛霉。
　　1．分類地位：毛霉隸屬接合菌亞門，毛霉目、毛霉屬。
　　2．形態特征：毛霉菌絲無色透明，無橫隔，菌落初期為白色，后為灰白色，淡黃色或淡褐色，氣生，不產生鋼甸菌絲，有孢子囊，能產生孢子囊孢子。進行有性生殖時可形成球形的接合孢子。
　　3．生活習性：毛霉喜高溫、高濕。溫度高、濕度大的情況下，通氣不良時發生率很高。
　　4．傳播途徑：主要以孢囊胞子通過空氣傳播。
　　5．危害特征：
　　(1)毛霉分解蛋白質的能力很強，抗性強；
　　(2)毛霉能分泌有機酸和毒素，抑制靈芝菌絲的生長；
　　(3)毛霉能侵染培養基，與靈芝菌絲爭奪養分與水分；
　　(4)毛霉種類多，且繁殖快。鏈孢霉(neurospora spp.)鏈泡霉又稱紅色面包霉或脈孢霉、串珠霉。
　　1．分類地位：鏈孢霉隸屬于子囊菌亞門，糞殼霉目，脈孢霉屬。
　　2．形態特征：其菌絲透明，有分枝和分隔，且疏松，呈網狀，無色、白色或灰色。有氣生菌絲，能產生分多呈黃色或橙紅色，紅色。
　　3．主要種類：主要有橙色鏈孢霉、粗糙鏈孢霉、好食鏈孢霉、問型鏈孢霉等。
　　4．生活習性：鏈孢霉喜高溫高濕，氧氣充足時生長迅速。
　　5．傳播途徑：主要以分生孢子通過氣流進行傳播。
　　6．危害特征：
　　(1)來勢猛，蔓延快，危害很大，一旦發生，難以治理，一般進行掩埋或焚燒；
　　(2)分生孢子萌發比其他霉菌菌絲快。
　　(3)氣生菌絲抗性強，有力，能穿透棉塞，擠破菌袋。