靈芝菌種的生產是整個靈芝生產過程中的首要關鍵，菌種質量的好壞直接關系到靈芝的產量和品質。純種的生產與制備，其操作技術并不很難，但整個過程中必須十分注意雜菌及其他微生物的污染，一旦菌種感染雜菌，會影響整批靈芝的栽培，往往造成很大的經濟損失。因此必須從各方面對雜菌進行預防與控制，以利于提高靈芝菌種的正品率。
　　一、靈芝茵種感染雜茵的原因分析
　　(一) 拌料時可能發生雜菌污染 如培養料不新鮮、水濕度不當，或拌料不均勻，都易發生雜菌。
　　(二) 滅菌不徹底引起雜菌污染 如滅菌時間不夠，滅菌溫度不夠，或滅菌過程中透氣不良，均可造成滅菌失敗，而感染雜菌。
　　(三) 接種時沒有嚴格無菌操作而引起雜菌污染 如接種工具消毒不嚴，接種過程動作太慢均易引起雜菌感染。
　　(四) 菌種培養過程中發生雜菌污染 菌種培養時沒有注意溫度、濕度、光線、氧氣等環境因素，而引發雜菌侵染。
　　(五) 接種用的菌種可能本身帶雜而引發污染。
　　二、靈芝茵種雜菌的控制措施
　　(一)精心拌料
　　1．首先應選擇新鮮、無霉變、未經雨水淋濕的木屑或棉殼作原材料，且進行合理的配方。
　　2．靈活掌握調水，如果培養料基質偏干，顆粒偏細，酸性強，水分調節應偏多，否則就調水少；晴天水分蒸發快，則調水多，雨天應調水少；夏天調水多，冬天可調水少些。
　　3．拌料力求均勻，主料與輔料混合均勻，干濕攪拌要均勻，ph值均勻。
　　4．操作力求快速，靈芝制種一般在高溫季節，如果拌料時間過長，培養料易發酸，養分易受到破壞，因此宜盡量快速操作。
　　5．動作力求輕便，在地面堆放時最好墊一層麻袋，以防擦破菌袋。
　　(二)嚴格進行滅菌
　　1．常壓滅菌時，溫度上升力求快速，達100℃時再維持8-10小時。
　　2．高壓滅菌時，冷氣要排盡，壓力上升到1.5公斤每平方厘米時要保持2-3小時。
　　3．滅菌過程中不能隨意添加冷水，以免溫度突然下降。
　　4．滅菌好后，菌瓶(袋)不能馬上出鍋，須在鍋內悶幾個小時再出鍋，如能悶上一夜則滅菌效果更佳。
　　(三)嚴格挑選菌種
　　接種用的菌種一定要由專業人員進行認真的挑選，一般要選取潔白、濃密、健壯、生長旺盛的菌絲，接種后則生長迅速，"吃"料快，不易感染雜菌。
　　(四)嚴格接種操作，動作快速
　　1.接種前，接種室及接種用的所有工具均要進行嚴密消毒。
　　2.接種過程中，不能離開火焰附近的無菌區。
　　3.接種時先檢查棉塞是否打濕，如棉塞濕了必須及時更換無菌棉塞。
　　4.接種時動作要迅速，減少雜菌入侵的機會。
　　(五)把好菌絲培養關
　　1．培養室溫度保持在20-25℃左右，濕度為60％-70％左右。
　　2．注意通風透氣。
　　3．定期清查雜菌，發現被污染的菌種及時處理。
　　以上幾個方面嚴格把關，才能有效地控制雜菌污染，制出合格的靈芝菌種。