１．白腐病又叫褐腐病、水泡病等，常發生在子實體上，是一種發生最普遍、危害最嚴重的真菌病害。其病源是蘑菇的腐病菌，其分生孢子和厚坦孢子都能侵害蘑菇菌絲體和子實體，并使子實體發生畸形。輕度感病時，菌柄腫大成泡狀，嚴重時子實體受阻，長出不規則的白色棉絮狀的菌團，不分菌蓋、菌柄。隨著病情的發展，病菇潰爛后，會流出褐色的水液，發出特殊的腐敗氣味。
       防治方法：①覆土用甲醛消毒。②堆料時必須經過５２℃１２小時以上高溫發酵。③采用輪作倒茬。④噴水不宜過多，廂內空氣相對濕度不超過９５％。⑤發病時停止噴水，并降溫至１７℃以下，病區可用１％～２％的甲醛溶液噴灑消毒。病害嚴重的，要鏟除原覆土，病菇應拔除燒毀。
　　２．褐斑病多發生在子實體上，是由菌生輪枝霉引起的。侵染蘑菇后，先在菌蓋上產生許多針頭大小、不規則的褐色斑點，以后逐漸擴大，并發生凹陷，凹陷部位呈灰白色，充滿了病菌分生孢子。菇體畸形，菌蓋分化不明顯，菌柄則過度腫大或彎曲。其感染途徑和方法，與白腐病相同。
　　３．褶霉病主要危害蘑菇的菌褶。該病大多在濕度偏高時發生，嚴重時菌褶均被白色菌絲覆蓋。防治方法是：加強通風，防止濕度過高。病菇要及時清除。
　　４．猝倒病由尖鐮孢霉和菜豆鐮孢引起，主要危害菌柄，使菌柄髓部萎縮變褐。病菇早期與健康菇無異，只是菌蓋部分色澤較暗，菇體不再長大，逐漸形成“僵菇”。病因是由帶病的土壤引起的，所以對土壤的徹底消毒是主要的防治方法。發生該病時可向菌床噴硫銨銅溶液，其硫酸銨、硫酸銅、水的配比為１０∶１∶３００。
　　５．病毒病該病傳染性強，菌絲細胞感染此病后就不能形成子實體，形成大片無菇區。菌蕾感染此病后，子實體大多發育成畸形，或菌柄下部削尖，或菌柄膨大成桶狀和壇狀，最后導致菌柄萎縮成白海綿狀。一旦發生該病，要及時隔離。接觸過病菇的手和用具，要用０．１％的新潔爾滅浸泡消毒。