畸形菇的表現形式是多種多樣的，生產上常見的主要有：“地雷菇”、“空心菇”、“大屁股菇”、“硬開傘和早開傘”、“紅根”、“水銹斑”。
　　“地雷菇”形成的原因主要是覆土材料過粗，土質偏硬，覆土較厚，覆土層表層含水較少，而其下部及基料的溫濕條件又適合于實體發生和生長，故易在料表或覆土層中下層分化形成子實體，然后鉆出土面。解決辦法：選取優質腐殖土，最好使用草炭土，即使在一般耕地取土且挖取20厘米以下的生土也不要緊，可按比例摻入一定量的腐熟牛糞或麥糠、稻殼等；在取土、曬土及處理過程中，應予過篩，使土粒大多保持與小麥粒大小，最大的可有玉米粒的1／2左右，并伴有部分土粉；覆土不必過厚，一般3厘米左右即可，有條件的可先覆一層厚1—1.5厘米的粗土，后覆細土，并注意使其保持均勻相應的含水率。
　　“空心菇”形成的原因是由于覆土層含水不足，或基料含水偏低，使菇體正常生長對水分的需求得不到滿足，是發生空心菇的主要原因。除解決覆土層含水問題外，適當的棚濕是有效的輔助手段，一般可調控在85—90％的范圍內，過高過低均不利。
　　“大屁股菇”形成的原因是棚溫驟升驟降，溫差幅度大，或受冷、熱空氣襲擊，菌蓋菌柄生長不平衡；或因棚濕過低，而覆土層含水適宜等原因，均可發生大屁股菇。此外，某些化學藥物也可導致該種畸形菇的發生。
　　“硬開傘和早開傘”菇室晝夜溫差超過10℃以上，或遇冷空氣襲擊，均會造成硬開傘。出菇密度過大，溫度過高，濕度過低以及子實體生長快而柄細蓋薄等，均會提前開傘。防治方法是在溫度聚變時房外加蓋帳簾，保持室內溫濕度的基本穩定。
　　“紅根”出菇前高溫階段用水過多，覆土層含水量過大，培養料偏酸以及追施糖料過多、通風不良等都可能形成紅根。應注意使覆土的含水量保持在22％～25％之間，避開高溫時噴水。追肥要適當，糖分要適量。如發現紅根，可適當噴些石灰清水。
　　“水銹斑”在蘑菇多次噴水后，要求打開門窗0.5小時～1小時通風換氣，以保持室內空氣新鮮。否則，菇房內濕度過大，就會使蘑菇表面滯留小水滴，時間稍長形成鐵銹色斑點。
　　此外，某些藥物、油類物質及氣體如農村常用的柴油、食用菌上常用的敵敵畏、加溫火爐產生的一氧化碳、二氧化碳等，還可導致其他若干種畸形菇發生，應根據具體情況，認真分析原因，對癥下藥，以免生產受損。