一、通氣不暢 草菇是高溫型好氣性真菌，生長發育過程需要足夠的氧氣。在栽培過程中為了提高堆溫，有時薄膜覆蓋時間過長，使料堆中的二氧化碳過多而導致缺氧，小菇因通氣不良，排氣不暢，難以正常長大而萎蔫。播種1—4天內，要注意每天通風半小時，隨著菌絲量的增大和針頭菇的出現，要適當增大通氣量。
　　二、水分不足 草菇的生長需要大量的水分，若建堆播種時水分不足或采菇后沒有及時補水；草被過薄保濕性能差，均會導致小菇萎蔫。播種后待菌絲長滿形成針頭菇前，如水分不夠，可補一次重水；頭潮菇結束后要補足水分，晴天草被要噴水防止料內水分蒸發。
　　三、溫度驟變 草菇菌絲生長和子實體發育對溫度有不同要求，一般結菇溫度在30℃左右。但寒潮來臨，氣溫急劇下降，或盛夏季節持續高溫會致使小菇成批死亡。因此，遇寒流要盡量采取保溫措施，盛夏酷暑要選擇陰涼場地堆料栽培，料上加蓋草被并多噴水，堆上方須搭棚遮陰。
　　四、環境偏酸 草菇菌絲適宜在偏堿性的環境中生長，當酸堿度在PH值6以下雖可結蕾，但難長成菇。采完頭潮菇后可噴1％石灰水或5％草木灰水，以保持料堆的酸堿度在pH8左右。
　　五、水溫不適 草菇對水溫有一定的要求，如噴20℃左右的井水或噴被陽光直射達40℃以上的地面水，到第二天小菇會全部萎蔫死亡。噴水要在早晚進行，水溫30℃左右為好。
　　六、采摘損傷 在草菇成長過程中，切忌人為碰撞、機械損傷。如采摘碰動了旁邊正在生長的幼菇，就會造成死亡。采摘草菇時動作要輕，一手按住菇的生長部位，保護好幼菇，另一手將成熟菇擰轉摘起。
　　七、菌種退化 草菇菌種無性繁殖的代數和轉管培養的次數過多，栽培種菌齡過大、菌種老化、生活力下降，影響養分的積累，第二潮菇現蕾后因養分不足而萎縮死亡。為防止這種情況發生，可用草菇幼齡菌褶分離菌種，斜面擴大繁殖培養不要超過3代，栽培菌種的菌齡應控制在1個月以內。
　　八、感染雜菌，發生蟲害 用已霉變的稻草等原料作培養料，在不清潔的場地栽培，會導致害蟲大量發生，尤其是棉籽殼栽培草菇，螨類發生后料內的菌絲會很快消失，使床面幼菇全部死亡。在草堆內加3％茶籽餅粉或0.2％敵百蟲溶液，能起到防治害蟲的效果，草菇對農藥很敏感，當菇蕾出現時，切忌使用農藥。
　　第一潮菇收獲后容易受綠霉侵染，發現后要及時在發生綠霉的料面撒一層生石灰粉，控制其蔓延。