蘑菇生理性病害主要有五種：硬開傘、畸形菇、薄皮菇、地雷菇和紅根銹斑，其防治方法如下：
　　1.硬開傘：蘑菇遇異常氣候，幼嫩子實體提早開傘的現象叫硬開傘，一般在18攝氏度以上，溫差10攝氏度左右，或突然降溫情況下發生。防治方法：在氣溫突變前做好保溫工作，并增加菇房內的空氣相對濕度。
　　2.畸形菇：形成的原因是覆土粗細不一，出菇部位低，菇房二氧化碳量超過0.3%；藥害、病害、蟲害造成。防治方法：注意覆土質量和通風，避免有害氣體進入菇房；注意防治病蟲害。
　　3.薄皮菇：整個出菇階段都可發生，主要原因由菇房內溫度過高過低，或床面通風過度引起。防治方法：高溫時要加強通風，排除菇房內濕空氣；低溫或起大風時，菇房要保溫保濕。
　　4.地雷菇：子實體著生在 料內或覆土下部，菇形不園整。這種菇質量差，出菇稀。產生原因：一是培養料過濕；二是料內混有泥土；三是菇房通風過多、溫度偏低、覆土過遲等。以致造成結菇過早，結菇部位過低。防治方法：培養料不能過濕或混進泥塊；菇房適當通風；粗土調水后，減少通風，保持85%左右的空氣相對濕度，促使菌絲向粗土面生長；小菌蕾尚未形成時覆細土，創造菌絲繼續向細土層生長的條件，防止過早結菇。
　　5.紅根銹斑：發生于出菇后期，這時氣溫低，蒸發水分少，菌絲活力差，吸水能力較弱，出菇慢。如果噴水過多，或氣候突然變化，料內酸度高，就會發生此病。防治方法：噴水要適當，料內酸度較高時，要及時用石灰水調節PH值。