金針菇菌瘤的發生大多數在第一茬菇采收后，第二茬菇未形成時。
　　發病菌袋從栽培袋內部出現菌瘤塊，逐步長大，看上去小的如蠶豆，大的如雞蛋。菌瘤表面呈細小根瘤狀顆粒，每個顆粒表面光滑，外形不規則，大小不一。有單獨一塊，也有幾塊連在一起。前期較硬，后期一般在18℃以上時開始慢慢腐爛。生長前期不易發現，中期露出培養基表面或把栽培袋脹起才能發現。
　　形成瘤狀菇的原因，主要是在裝袋或運輸等環節中操作不當，使一些栽培袋內部有空隙或裂縫。在空隙中培養基有充足的營養，適宜的溫、濕度，子實體原基就在栽培袋內部的空隙中形成。由于空隙中其他條件不能滿足正常子實體的生長，迫使子實體原基在空隙中再生，越生越多、越大，就形成了菌瘤塊。金針菇菌瘤在生產過程中吸收大量的營養和水分，而早期又不易被發現，中期生產速度又快，使栽培袋表面的健壯子實體不能正常生長，并逐步萎縮。即使能長出幾根金針菇。生長也非常緩慢，而且菇體瘦弱。出現菌瘤后，無法再長出正常的子實體。
　　防治方法是：裝袋時培養料裝得要均勻，松緊一致；在運輸、排放等工作中，要輕拿輕放、不要堆放，減少栽培袋的內部破裂；科學管理，及時轉潮，促使子實體迅速生長發育。