食用菌栽培和制種的過程中，常常會發生雜菌污染和非生物因素的干擾。現介紹簡易識別方法：
　　1.競爭性雜菌
　　主要是一些腐生性真菌，在培養料中與食用菌爭奪養料、水分和氧氣等，尤其是在栽培管理中的早期階段更易侵占菌塊，分泌毒素，抑制食用菌體的擴展和蔓延。
　　2.侵染性與非侵染性病害
　　侵染性病害包括真菌、細菌病害和線蟲病害等，它們都可以侵染食用菌體，造成菌絲萎縮和子實體腐爛。非侵染性病害主要是由一些不適宜的理化因素，如營養不良、水分供應失調、溫度過高或過低、日照過強或不足及有害物質引起的中毒所造成的生理紊亂。
　　競爭性雜菌包括青霉、木霉、曲霉、鏈孢霉、毛霉和根霉等。在栽培過程中可以從雜菌的顏色、氣味、拮抗線三個方面來識別。
　　從顏色上來識別：不同的微生物顏色是不同的，特別是常見的霉菌，都會產生不同顏色的分生孢子，這是簡易區分的方法。　常見的青霉為青綠色，是發生最多的絲狀菌，25℃以上均能生長，初期菌絲呈白色，逐漸成熟而出現綠色孢子，主要是接種時操作不嚴密或棉塞過濕所致，在高濕不通氣環境中培養最易發生。木霉為綠色，初期呈白色斑塊，以后逐漸產生綠色孢子，菌塊中央是深綠色，向外逐漸變淺，邊緣呈白色，多發生于偏酸的環境中，25℃以上生長迅速。　曲霉與青霉相似，初期為白色，隨成熟而呈黑、黃、綠色，28℃左右生長迅速。　根霉開始呈灰白色蜘蛛狀菌絲，以后產生黑色孢子囊，繁殖力很強，在培養基上全面繁殖，多發生于空氣濕度大，料內含水量大，通風不良時。　毛霉菌絲白色較長，有的長達3～10厘米，菌落稀疏，易與食用菌相區別，菌絲生長較陜，多在高溫、高濕、通氣不良的條件下生長。　鏈孢霉的菌絲疏松，較長，白色，分生孢子梗雙叉分枝；分生孢子單細孢，球形成鏈，紅色或粉紅色，常發生在淀粉基質上如玉米、玉米棒上。鏈孢霉經常發生在制種時的菌瓶內棉塞上，或培養料上，尤其在30℃以上高溫高濕條件下發生最快。其他常見的細菌都是不具菌絲結構，一般在培養料面呈濃狀物。
  　從氣味上來識別：平菇菌一般都具有菇香味或杏仁香味。而各種雜菌都具有各自的氣味，多數表現為酸、臭、霉和氨味，霉菌多為大同小異的霉氣味，而酵母菌多呈酸臭味。其他產氨細菌則多表現為氨水味。
 　從培養料表面的拮抗線來識別：平菇菌絲和雜菌在生長過程中，兩種菌絲的交界處，常出現一條潔白的白線，如同地圖上的分界線，這條線就叫做拮抗線。通過這條線和接種部位、顏色、氣味等條件即可識別哪一方是平菇菌絲，哪一方是雜菌，發生的雜菌是屬于哪種類型。