食用菌生長發育所需要的環境條件，也同樣適合多種病蟲害的發生和生長繁殖，如果不重視生態環境的控制，在前期不采取必要的預防措施，雜菌和各種蟲害便會大量發生；加上食用菌本身的特點，又不便于隨時使用化學藥劑防治，因此在栽培中，遵循"以農業防治為主，合理配以生物物理方法，以化學防治為補救措施"的綜合防治方法，可以充分發揮各種防治方法的優勢互補，對各種食用菌的優質高產，將具有非常重要的意義。
農業防治措施
1、選用優質抗病品種
⑴到正規廠家購買信譽度高、品牌正的菌種。
⑵母種傳代不要過3代，栽培種由原種轉接而來，不要由栽培種再次轉接作栽培種。
⑶優質菌種的感官特征應是：菌絲健壯不老化、純凈無污染。
⑷一定要選用適合當時當地的溫和型品種。
2、合理輪作
⑴不同品種之間輪作：食用菌栽培實踐證明，在同一菇棚內連續栽培同一菇類，極易引發雜菌污染，且一次比一次嚴重。不同菇類，或同一菇類的不同品種之間，能產生具有相互頡頏作用的代謝產物，對病蟲害及雜菌有一定的抑制和殺滅作用。據此合理輪作，起到較好的預防效果。
⑵提倡大田內與其他作物輪作：有些菇類如平菇、雞腿菇，大田種植，不需熏蒸消毒，只需取表土下30厘米的土刨細，拌入石灰粉即可。每2-3年輪作一次，既可肥田，又能消滅病蟲害，一舉多得。
⑶更換新棚：有條件的菇農，可以每年更換新棚，防雜效果會更好。
3、遠離傳染源，搞好環境衛生
菇房選址應遠離倉庫、廁所、畜舍，切斷病蟲感染的途徑；菇房、用具、床架要定期消毒；栽培前和栽培后對各種操作工具及栽培場地進行消毒；需要覆土的菇類如蘑菇、雞腿菇等，覆土進棚前要經曝曬或用甲醛熏蒸消毒（進棚前一定將氣味散凈，以免對菌絲造成藥害）。
4、培養料要發酵，配方要合理
栽培食用菌的物料北方一般以棉籽殼、玉米芯、麥秸牛糞作為主料。各種物料最好采用發酵料，利用堆肥發酵高溫殺死病菌蟲卵，按照要求堆建、翻堆，使發酵溫度上升到75℃以上，最好采用后發酵方法，以有效消滅堆肥內病菌蟲卵。各種物料混和要均勻一致，含水量適中（60-65%）。要選用新鮮、無霉變的培養料，并嚴格按配方要求配制。
5、管理措施得當，合理調節溫、濕、氣三者之間的關系
溫度、濕度、氧氣是影響各種食用菌質量優劣、產量高低的重要環境因子，三者要統籌兼顧。出菇期間，在合適的溫度下，如雞腿菇16-24℃、雙孢菇14-16℃子實體數量最多，產量最高；物料含水量以60-70%為宜，空氣相對濕度在菌絲生長期間控制在75-80%左右，子實體階段在85-90%，低于60%菌蓋易反卷，高于95%以上易引發病害。食用菌全都屬于好氧性微生物，整個發育期間均需要新鮮空氣，特別是子實體形成期間要勤通風換氣。通風不良、過于潮濕、溫度過高的菇房，容易滋生雜菌害蟲。
一旦發現病蟲為害，應立即處理。將所有的病菇、雜菌、害蟲等污染物排除掉，進行深埋或銷毀，病區用藥劑防治，并注意通風。
物理防治方法
1、設置屏障
將病蟲源拒之棚外，菇棚的門窗要安裝防護網，防空洞、地下室進門處留一段黑暗區，以防飛蟲乘隙而入，將病蟲帶入菇棚內。
2、人工誘殺
⑴燈光誘殺：許多食用菌害蟲有較強的趨光性，可用黑光燈或節能燈誘殺，具體方法是在燈下放一裝有0.1%敵敵畏的水盆，害蟲落入盆中即被殺死；也可在強光處掛粘蟲板，板上涂40%聚丙烯粘膠，有效期可達2個月。
⑵毒餌誘殺：用菜籽餅（也可用棉餅、豆餅替代）誘殺，主要誘殺螨蟲，方法是在菌床上鋪若干紗布，紗布上鋪一層炒熟的菜籽餅粉，螨類聞到香味后便會聚集于紗布上取食，此時將紗布連同螨蟲一起放入沸水中浸燙。
生物防治
生物防治在食用菌上還處于起步階段，但應用前景樂觀，是實現無公害食用菌生產的關鍵技術。利用細菌制劑如蘇云金桿菌可防治螨類、蠅蚊、線蟲，用植物制劑如魚藤精、煙草浸出液對多種食用菌害蟲具有較好的防治效果，抗生素類藥劑如鏈霉素、金霉素防治食用菌上的細菌性病害，效果理想。
化學藥物
化學防治應作為其他方法失敗后的一種補救措施，這是因為：
⑴食用菌栽培周期短，藥物噴施后易在菇體內殘留，食后對人有毒副作用。
⑵食用菌子實體完全暴露，加上目前選擇性農藥不多，防治病蟲害的農藥也會對食用菌本身產生不同程度的藥害。
⑶影響出口貿易，現在世界各國對各種食用菌的質量檢驗都非常嚴格，農藥殘留將會嚴重影響菇體的質量信譽和市場競爭力。所以，農藥防治是在萬不得已時的一種應急措施，并要遵循農藥使用的安全性原則：一是禁用劇毒、殘效期長的有機汞、有機磷農藥，要用高效、低毒、低殘留藥劑；二是出菇期間禁用藥劑防治。
1、殺真菌藥劑
食用菌的病害和競爭性雜菌大多是真菌引起的，它們對藥物的敏感程度有許多相似之處，多采用多菌靈、托布津、苯菌靈、克霉唑、石硫合劑、波爾多液等殺菌劑。但要注意在食用菌栽培的不同階段，其濃度、劑量都應按規定用量選用，防止發生藥害；其次，多種藥劑交替使用，以免產生抗藥性。
2、殺細菌藥劑
漂白粉（次氯酸鈣）是食用菌細菌性病害防治最常選用的藥劑，如對平菇細菌性黃斑病，可在菇潮間采用漂白粉兌水1:600的藥液噴施，也可噴灑0.25-0.30%的甲醛溶液進行防治；或是局部發生較嚴重的細菌性病害，一般多用獸用抗生素和鏈霉素、金霉素、慶大霉素等，但一定注意使用濃度，如鏈霉素和金霉素一般用每毫升200個單位的藥劑噴灑防治。
3、殺蟲藥劑
菇房內發生眼蕈蚊、糞蚊可噴500倍敵百蟲；敵敵畏具有熏殺和觸殺作用，對菇蠅類的成蟲、幼蟲和跳蟲有特效（但對螨類殺傷力差），但一定要注意平菇對敵敵畏很敏感，濃度稍大就可能產生藥害，最好改用敵百蟲或辛硫磷；同樣，蘑菇對敵百蟲敏感，最好改用敵敵畏，而不用敵百蟲。若有跳蟲和螨類同時發生，用辛硫磷和殺螨劑混配效果較好。另外，用磷化鋁熏蒸防治效果也很有效，一般講，每立方米用2-3片（6.6-9.9克），對大部分食用菌害蟲都有很好的殺滅效果。熏蒸后菇房密閉48小時后，要開窗通氣3小時以上，確定無余毒后才可入內。注意一定確保人身安全。
農業防治措施
1、選用優質抗病品種
⑴到正規廠家購買信譽度高、品牌正的菌種。
⑵母種傳代不要過3代，栽培種由原種轉接而來，不要由栽培種再次轉接作栽培種。
⑶優質菌種的感官特征應是：菌絲健壯不老化、純凈無污染。
⑷一定要選用適合當時當地的溫和型品種。
2、合理輪作
⑴不同品種之間輪作：食用菌栽培實踐證明，在同一菇棚內連續栽培同一菇類，極易引發雜菌污染，且一次比一次嚴重。不同菇類，或同一菇類的不同品種之間，能產生具有相互頡頏作用的代謝產物，對病蟲害及雜菌有一定的抑制和殺滅作用。據此合理輪作，起到較好的預防效果。
⑵提倡大田內與其他作物輪作：有些菇類如平菇、雞腿菇，大田種植，不需熏蒸消毒，只需取表土下30厘米的土刨細，拌入石灰粉即可。每2-3年輪作一次，既可肥田，又能消滅病蟲害，一舉多得。
⑶更換新棚：有條件的菇農，可以每年更換新棚，防雜效果會更好。
3、遠離傳染源，搞好環境衛生
菇房選址應遠離倉庫、廁所、畜舍，切斷病蟲感染的途徑；菇房、用具、床架要定期消毒；栽培前和栽培后對各種操作工具及栽培場地進行消毒；需要覆土的菇類如蘑菇、雞腿菇等，覆土進棚前要經曝曬或用甲醛熏蒸消毒（進棚前一定將氣味散凈，以免對菌絲造成藥害）。
4、培養料要發酵，配方要合理
栽培食用菌的物料北方一般以棉籽殼、玉米芯、麥秸牛糞作為主料。各種物料最好采用發酵料，利用堆肥發酵高溫殺死病菌蟲卵，按照要求堆建、翻堆，使發酵溫度上升到75℃以上，最好采用后發酵方法，以有效消滅堆肥內病菌蟲卵。各種物料混和要均勻一致，含水量適中（60-65%）。要選用新鮮、無霉變的培養料，并嚴格按配方要求配制。
5、管理措施得當，合理調節溫、濕、氣三者之間的關系
溫度、濕度、氧氣是影響各種食用菌質量優劣、產量高低的重要環境因子，三者要統籌兼顧。出菇期間，在合適的溫度下，如雞腿菇16-24℃、雙孢菇14-16℃子實體數量最多，產量最高；物料含水量以60-70%為宜，空氣相對濕度在菌絲生長期間控制在75-80%左右，子實體階段在85-90%，低于60%菌蓋易反卷，高于95%以上易引發病害。食用菌全都屬于好氧性微生物，整個發育期間均需要新鮮空氣，特別是子實體形成期間要勤通風換氣。通風不良、過于潮濕、溫度過高的菇房，容易滋生雜菌害蟲。
一旦發現病蟲為害，應立即處理。將所有的病菇、雜菌、害蟲等污染物排除掉，進行深埋或銷毀，病區用藥劑防治，并注意通風。
物理防治方法
1、設置屏障
將病蟲源拒之棚外，菇棚的門窗要安裝防護網，防空洞、地下室進門處留一段黑暗區，以防飛蟲乘隙而入，將病蟲帶入菇棚內。
2、人工誘殺
⑴燈光誘殺：許多食用菌害蟲有較強的趨光性，可用黑光燈或節能燈誘殺，具體方法是在燈下放一裝有0.1%敵敵畏的水盆，害蟲落入盆中即被殺死；也可在強光處掛粘蟲板，板上涂40%聚丙烯粘膠，有效期可達2個月。
⑵毒餌誘殺：用菜籽餅（也可用棉餅、豆餅替代）誘殺，主要誘殺螨蟲，方法是在菌床上鋪若干紗布，紗布上鋪一層炒熟的菜籽餅粉，螨類聞到香味后便會聚集于紗布上取食，此時將紗布連同螨蟲一起放入沸水中浸燙。
生物防治
生物防治在食用菌上還處于起步階段，但應用前景樂觀，是實現無公害食用菌生產的關鍵技術。利用細菌制劑如蘇云金桿菌可防治螨類、蠅蚊、線蟲，用植物制劑如魚藤精、煙草浸出液對多種食用菌害蟲具有較好的防治效果，抗生素類藥劑如鏈霉素、金霉素防治食用菌上的細菌性病害，效果理想。
化學藥物
化學防治應作為其他方法失敗后的一種補救措施，這是因為：
⑴食用菌栽培周期短，藥物噴施后易在菇體內殘留，食后對人有毒副作用。
⑵食用菌子實體完全暴露，加上目前選擇性農藥不多，防治病蟲害的農藥也會對食用菌本身產生不同程度的藥害。
⑶影響出口貿易，現在世界各國對各種食用菌的質量檢驗都非常嚴格，農藥殘留將會嚴重影響菇體的質量信譽和市場競爭力。所以，農藥防治是在萬不得已時的一種應急措施，并要遵循農藥使用的安全性原則：一是禁用劇毒、殘效期長的有機汞、有機磷農藥，要用高效、低毒、低殘留藥劑；二是出菇期間禁用藥劑防治。
1、殺真菌藥劑
食用菌的病害和競爭性雜菌大多是真菌引起的，它們對藥物的敏感程度有許多相似之處，多采用多菌靈、托布津、苯菌靈、克霉唑、石硫合劑、波爾多液等殺菌劑。但要注意在食用菌栽培的不同階段，其濃度、劑量都應按規定用量選用，防止發生藥害；其次，多種藥劑交替使用，以免產生抗藥性。
2、殺細菌藥劑
漂白粉（次氯酸鈣）是食用菌細菌性病害防治最常選用的藥劑，如對平菇細菌性黃斑病，可在菇潮間采用漂白粉兌水1:600的藥液噴施，也可噴灑0.25-0.30%的甲醛溶液進行防治；或是局部發生較嚴重的細菌性病害，一般多用獸用抗生素和鏈霉素、金霉素、慶大霉素等，但一定注意使用濃度，如鏈霉素和金霉素一般用每毫升200個單位的藥劑噴灑防治。
3、殺蟲藥劑
菇房內發生眼蕈蚊、糞蚊可噴500倍敵百蟲；敵敵畏具有熏殺和觸殺作用，對菇蠅類的成蟲、幼蟲和跳蟲有特效（但對螨類殺傷力差），但一定要注意平菇對敵敵畏很敏感，濃度稍大就可能產生藥害，最好改用敵百蟲或辛硫磷；同樣，蘑菇對敵百蟲敏感，最好改用敵敵畏，而不用敵百蟲。若有跳蟲和螨類同時發生，用辛硫磷和殺螨劑混配效果較好。另外，用磷化鋁熏蒸防治效果也很有效，一般講，每立方米用2-3片（6.6-9.9克），對大部分食用菌害蟲都有很好的殺滅效果。熏蒸后菇房密閉48小時后，要開窗通氣3小時以上，確定無余毒后才可入內。注意一定確保人身安全。
