在草菇生產過程中，常可見到成片的小菇萎蔫而死亡，給草菇產量帶來嚴重的損失。幼菇死的原因很多，主要有以下幾點。
　　1．培養料偏酸：草菇喜歡堿性環境，pH小于6時，雖可結菇，但難于長大，酸性環境更適合綠霉、黃霉等雜菌的生長，爭奪營養引起草菇的死亡。因此，在培養料配制時，適當增加料內pH值。采完頭潮菇可噴1％石灰水或5％草木灰水，以保持料內酸堿度在pH8左右。
　　2．料溫偏低或溫度驟變：草菇生長對溫度非常敏感，一般料溫低于28攝氏度時，草菇生長受到影響，甚至死亡。溫度變化過大，如遇寒潮或臺風襲擊，則會造成氣溫急劇下降，會導致幼菇死亡，嚴重時大菇也會死亡。
　　3．水分管理不當：草菇對水溫有一定的要求，一般要求水的慍度與室溫差不多。如在炎熱的夏天噴20℃左右的深井水，會導致幼菇大量死亡。因此，噴水要在早晚進行，水溫以30℃左右為好。
　　根據草菇子實體生長發育的不同時期，正確掌握噴水方法。若子實體過小，噴水過重會導致幼菇死亡。在子實體針頭期和小紐扣期，料面必須停止噴水。如料面較干，也只能在栽培室的過道里噴霧，地面倒水，以增加空氣的相對濕度。
　　4．采菇損傷：草菇菌絲比較稀疏，極易損傷，若采摘時動作過大，會觸動周圍的培養料，造成菌絲斷裂，周圍幼菇菌絲斷裂而使水分、營養供應不上。因此，采菇時動作要盡可能輕。采摘草菇時，一手按住草菇的生長基部，保護好其他幼菇，另一手將成熟菇擰轉摘起。如有密集簇生菇，則可一起摘下，以免由于個別菇的撞動造成多數未成熟菇死亡。