（1）培育和選用優良菌種   優良菌種：一是種性要好種，具有高產、優質、抗逆性（含抗病蟲）強的特性；二是純度要高，無病蟲感染。最根本的還是培育抗病抗蟲能力強的新品種和新菌株；三是菌齡適宜。老化的菌種，不但生活力差，而且污染的機率多。選用菌種時，如果忽視了后兩點，往往是造成制種期或發菌期受病蟲感染嚴重的主要原因之一。如草菇的菌絲纖細，不濃密，生長快，但容易老化、自溶。如果瓶內菌絲萎縮，或部分菌絲出現自溶現象，或菌齡超過30天以上的，則是老化菌種。播種老化菌種后，不僅菌絲恢復慢，長勢差，產量低，而且易受病蟲感染。所以菌齡應選用20天左右的為最好。香菇菌種適宜的菌齡是以菌絲長滿瓶后即使用為好，一般在45～50天，用這種菌種，接種后菌絲萌發快，生活力強，污染率低。
　　（2）調節好適宜的酸堿度  食用菌對pH的要求，除草菇喜堿性外，大多喜偏酸或中性的環境。而大多數病原菌喜中性或偏堿性的環境。因此，在制作菌種時，可添加適量的過磷酸鈣，將培養基調酸一點，既可抑制病菌的發生，又可為食用菌提供一定的磷素。在菇床上如發現一些喜堿條件的病菌，，如白色石膏霉、褐色石膏霉，可將過磷酸直接撒在發病料面上。
　　草菇播種后，培養料有由堿變酸的趨勢，根據草菇喜歡堿性環境的特性，可結合噴水和在每潮菇采收之后，用pH9的石灰水噴灑，以滿足草菇生長對pH的需要，同時又可抑制與草菇爭奪養分、。水分的鬼傘類的發生。因為鬼傘類喜歡酸性環境，在中性或微堿性環境則生長不良。一些在中性或微堿性環境液也能生長良好的菇類如蘑菇、平菇，栽培時所用的原料（稻草、棉籽殼等）可用1％～2％石灰水調配，采菇后也可用石灰水（上清液）噴灑。
　　（3）加強栽培管理，提高食用菌抗病抗蟲能力   發菌期管理要以能促進食用菌菌絲生長又能抑制病菌發生為目的。采取的措施主要是：
　　①適當降溫培養   大多數病菌是喜高溫的，食用菌除草菇外，要求的溫度較低。因此，接種后培養溫度應控制在25℃以下。適當降溫培養，雖然菌絲生長速度較慢，但粗壯有力，而病菌明顯減少。
　　②降濕培養   食用菌在菌絲體生長期要求的空氣相對濕度也比較低，因此，在發菌期空氣相對濕度應保持在60％左右，可以有效得抑制病菌的發生。
　　③及時翻堆檢查   接種7天后進行一次翻堆檢查，發現受病菌侵染的，程度輕的菌袋可用75％酒精或1：3甲醛溶液注射患處；感染嚴重的，應用比原菌袋大一點的袋子套上扎緊，重新滅菌、接種。切忌將污染的菌筒脫袋曬干再用，讓病菌孢子四處飛揚，造成嚴重的重復感染。
　　出菇期管理要注意科學用水，不清潔的水是會傳播病菌的媒介。因此，菇房的水分管理，一是要保證用水清潔，在難以保證的情況下，可用150毫克/升漂白粉溶液噴灑。二是噴水要促控結合，該多則多，該少則少。覆土后前期要輕噴、勤噴，待快出菇時才重噴出菇水。到出菇期，菇多時多噴，菇少時少噴。
　　菇床噴水之后要結合通風。大多數病菌喜高溫高濕，菇床一旦出現病害，應停止噴水，加大通風量。
　　此外，應調節好菇房適宜的光、溫、水、氣等生態條件，使食用菌菌絲生長健壯，增強生活力和提高抗逆性，能以旺盛的長勢，抑制病菌的發生和蔓延。