食用菌和其它植物一樣，在生長發育過程中，當生態環境條件不能滿足其所需的最低要求時，就會發生代謝性的障礙而使菇類畸變，這屬于生理性病害。在菌絲體階段表現為菌絲萎縮或徒長，在子實體階段則表現畸形。
　　1、菌絲徒長。主要發生在磨菇栽培中的覆土層，絨毛菌絲持續不斷的往細土表面生長，菌絲徒長嚴重時，甚至濃密成團，結成菌皮，推遲出菇，并且由于消耗養分過多而降低產量。
　　出現菌絲徒長，應加強通風，降低二氧化碳濃度和空氣相對濕度，并且降低菇房的溫度，抑制菌絲生長，促進菇蕾形成。如果土面或栽培塊表面已結成菌塊，必須用刀將菌塊劃破，噴重水，大通風，仍可形成子實體。
　　2、菌絲萎縮。蘑菇栽培中，有時在發菌或出菇階段出現菌絲發黃、發黑、萎縮甚至死亡的現象。產生的原因：①料害：多出現在播種之后3-5天。建堆時化肥添加過遲，培養料含氨量過高導致"氨中毒"而死亡。堆料配制時 C/N不適,發酵時間過長，培養料過于腐熟，產生酸化，則會造成培養料內菌絲萎縮成細線狀；②水害：覆土層噴水過急，水分滲漏入料層，造成培養料過濕而缺氧，致使菌萎縮；③氣害：高溫濕條件下，菌絲新陳代謝加快，造成二氧化碳濃度過高，菌絲易發黃死亡。
　　3、死菇現象。在出菇期間，幼小的菇蕾或小的子實體，在無病蟲害的情況下，發生變黃萎縮，停止生長甚至死亡的現象，主要原因：①氣溫過高或過低，不適合子實體生長發育；②噴水重，菇房通風不良，加上氣溫高，空氣濕度大，氧氣供應不足，二氧化碳積累過多，造成菇蕾或小菇悶死；③出菇過密，在生長過程中，部分菇蕾因得不到營養而死亡或因采菇時受到震動、損傷，也會使小菇死亡；④噴藥次數過多、用藥過量，會使基原滲透壓升高或菇體中毒，從而發生藥害而死菇。
　　4、畸形菇。形成的子實體形狀不規則，如柄長蓋小、歪斜等，造成畸形菇的原因：①機械損傷，粗土顆粒過大，出菇部位過低，與木框發生擠壓、碰撞等；②栽培室內光線不足或二氧化碳濃度過高，栽培環境過于密閉，尤其冬季只注意室內保溫措施，忽視了隨著子實體發育菇體需氧量倍增的習性，另外過于追求栽培數量，忽視栽培數量與空間比例的關系，造成栽培場過分擁擠，栽培層架中通風不良，二氧化碳濃度過高。
　　5、空心菇。當氣溫高于18℃，水分供應不足，濕度低于90%時，菌柄中易產生空心現象，如果氣溫過低，菇生長緩慢，在菇床面停留時間過長，也會產生空心菇。為了防止空心菇發生，在蘑菇盛產期應注意加大噴水量和提高菇房內的溫度。