菌絲生長階段易發生的雜菌
　　1、青霉：青霉是最易發生的絲狀菌。發育適溫３０℃—３５℃，但在２０℃左右也長得很好。青霉開始蔓延時和金針菌絲相似，隨著逐漸成熟長出青色孢子。
　　2、曲霉：曲霉開始繁殖時是白色菌絲，成熟后著生黃綠色孢子，發育適溫是３０℃左右。栽培室在堆肥附近，或曾放過菌種，或附近有制曲廠都易生長曲霉。一旦發生曲霉，會使菌種污染而全部覆滅。
　　3、大毛霉：和曲霉相似，繁殖力強。在培養基內部蔓延，生成白色或灰黑色蜘蛛絲樣的菌絲，產生黑色抱子，發育適溫３５℃左右。
　　4、毛霉：和大毛霉一樣，繁殖力旺盛。在高溫下發育。
　　生長于菇體上的雜菌
　　1、青霉：侵入金針菇的青霉，是搔菌后侵入的。如發生青霉應立即挖出并燒掉。進行室內消毒。消毒液是２％的硫酸銅液，或稀釋５００倍的升汞液。
　　2、根腐?。簻囟雀邥r易發生。繁殖之初在培養料表面滲出白色混濁水滴，有時會積滿瓶口。主要原因是培養料水分過多。發生根腐病后，應立刻挖出燒掉。手接觸根腐病菌時，必須消毒。
　　3、黑斑?。涸诠缴w上產生黑褐色斑點。多數不影響產量，但因菌蓋變黑而使價格下降。用冷水直接噴在菌蓋上易生這種病。
　　預防發生雜菌的措施
　　培養料中加入石灰，不僅可防止雜菌發生，也可促進菇的發育。石灰以消石灰為好，加入量為培養料量的２％。加入方法，可先和米糠混合，或加至水中后混合。
　　金針菇細菌性褐斑病的防治
　　細菌性相斑病，是金針菇的主要病害之一，對生產影響較大。子實體染病后，輕者產生斑點，不宜罐裝，重者整叢變黑腐爛，失去食用價值。
　　防治措施：選用抗病的金針菇品種；合理調控菇房溫濕度，出菇期間菇房溫度應控制在１５℃以下，合理安排栽培季節，南方要使子實體發生期在３月底以前結束，以避開春季高溫、高濕的影響；及時防治害蟲，特別是刺吸式口器的昆蟲；發病初期可用漂白粉或漂粉精兌水噴霧（溶液內含有效氯１％—１·５％）金針菇。