鬼傘菌：盡量選用新鮮培養料，使用前曝曬2天，或用石灰水浸泡原料；控制培養料的含氮量，發酵料或發酵栽培時，麥麩或米糠添加量不要超過5％，禽畜糞以3％為宜。無論用何種材料栽培，最好2次發酵，大大減少鬼傘的污染；發酵時控制培養料的含水量在70％以內，以保證高溫發酵獲得高質量的堆料，同時，培養料拌料時，調節培養料的ph值至10左右。
　　霉菌：常見的有綠色木霉、毛霉和鏈孢霉。防治霉菌常用的藥液有5％的石碳酸、2％的甲醛、1∶200倍的50％多菌靈、75％甲基托布津、ph值為10的石灰水，此外，往污染處撒石灰面，防治效果也很好。
　　菇螨：將棉球蘸敵敵畏，放在床架底料面上，然后用塑料布覆蓋床面，利用藥物揮發熏蒸料面，毒死螨蟲；用50％的氧化樂果1000倍液、菊樂合酯1500倍液、螨特500倍液噴霧殺螨；用洗衣粉400倍液連續噴霧2-3次，也有很好的殺螨效果；將新鮮豬骨放在菇螨出沒危害的床面上，相間排放，待螨蟲群集其上時，將骨頭置開水中片刻即可殺螨蟲，反復進行幾次，直到床面上無螨為止。
　　菇蠅：在菇場四周設排水溝，排除積水，并定期用0.5％敵敵畏噴殺；培養料進行2次發酵，殺死料內幼蟲和卵；用黑光燈誘殺。