危害秋蘑菇的“三蟲一病”是：螨蟲、跳蟲、菇蚊和有害疣孢霉。現將這些病蟲害為害特點與防治方法敘述如下。  
       一、螨蟲為害癥狀
      發菌過程中，如發現菌絲有退菌現象，如絨毛狀菌絲減少，索性菌絲增多，菌絲表層見到有粉紅色發亮點，則為菇床出現螨頭。當用放大鏡所看到的范圍內存在3~5只螨蟲時，即達到防治指標。覆土后螨蟲會隨著菌絲向土面生長而和土面移動，集中于原基和菇柄基部取食，常造成根部光禿，無菌根，營養無法輸送而萎縮致死。同時螨蟲傳播病菌和病毒，螨蟲嚴重的菇房，各種病害也較嚴重。
       二、跳蟲為害癥狀 跳蟲是雜食性昆蟲，在大田和大棚內種植蘑菇，跳蟲較多。常見的種類有灰白色的角跳蟲和體型微小的黑角跳蟲。跳蟲即取食菌絲也取食菇體，常群集于菌褶內或菇蓋上，將菇體咬嚙成千瘡百孔，造成菇體干縮死亡。尤其是黑角跳蟲，蟲子體細微，蟲口密度大，極易造成毀滅性災害。
       三、菇蚊為害癥狀 秋季溫度逐漸降低，較為適合菇蚊和菇癭繁殖，尤其在糞肥豐富和發酵不徹底的培養料內，菇蚊和菇癭數量龐大，以幼蟲取食菌絲。降低產量，如菇蚊爆發，群體數量過大，也可引起毀滅性災害。 
      四、有害疣飽霉癥狀 當菇菌絲在土中處于菌素形成期，原基分化期和子實體生長期間均可被有害疣孢霉侵染為害。菇體被害后表現畸形，菇柄膨大，菇蓋變小，并附有白色絨毛狀菌絲，后變褐，產生褐色液或病斑，菇體被害后產量和質量都遭受很大損失。 
      五、病蟲害綜合防治 在發菌中后期，培養料中蟲口密度達到防止指標時，需及時用藥防治，用藥種類應選用高效底毒、對菌絲和菇體無傷害的農藥。菇房條件好，密封性強，可用磷化鋁熏蒸，每立方米3片(9.9克)密閉48小時。大多數菇房或棚地栽培的場所只能采用藥劑噴霧防治，菇蟲凈是專用于食用菌殺蟲殺螨的生物型藥劑，具有內吸和胃毒作用，在蟲口密度大時，用500倍噴霧;在覆土期發生蟲害，可在覆土后結合重施調菇水時，在水中配入1000倍菇蟲凈;農第一潮菇生長期發生蟲害，應在第一潮菇的高峰期過后，用菇蟲凈防治。用藥前視菇房濕度停止澆水1~2天，使藥劑能更快地吸收到菌床的深度，達到明顯的殺蟲效果。
      當菇床上出現被疣孢霉侵染的病菇后，應停止噴水2~3天，保持床面干燥，及時摘除病菇并燒毀，待這潮菇過后，立即噴1000倍的多菇豐殺菌劑，結合補水，隔3天噴1次，連噴3次，可有效地控制土層內的病菌蔓延，同時注意控制空氣濕度，加強通風。 
      在氣溫偏高的8月份，菇床內潛伏著較多的病蟲菌源，當出過二潮菇后，遇到較高的溫度時，病害和蟲害常常爆發，防治時可將殺蟲劑和殺菌劑同時混合后噴施，達到雙管齊下的效果。