原輔材料在使用前，應趁晴好天氣時予以暴曬處理。若發現原料霉變結塊，要進行打碎、暴曬或滅菌后再進行熟料栽培。由于原料中的營養損失較多，故應在配料時適當予以補充，使基料營養全面、豐富而且均衡，菌絲更具備抗雜抗病能力，生物量大幅度增加，才能達到理想的出菇狀態。一般可采用三維精素（拌料型）來調配，基本用量為每250千克原料使用120克三維精素。

盡管菇農生產前期已經按常規對菇棚進行了消殺，但在發菌期間，菇農或管理人員進出棚室，或管理中不斷通風等操作，仍會有新的雜菌或病原菌進到棚內。因此，發生病菌侵染的危險依然存在。所以，預防工作千萬不能有松懈。

一般可使用百病傻300倍液-500倍液和賽百200倍液-300倍液，間隔3天-7天交替進行噴灑，主要用藥部位是墻體、地面通風口、門口等處。同時不要忽略發菌中的菌袋，空中可予少量噴霧。

播種后的菌袋一般在菇棚直接發菌，尤其是老菇棚，棚內棚外都存有或潛伏著大量雜菌、病原菌，很多菇農忙于播種生產，加上防范意識、預防概念欠缺，往往就忽視了對菇棚的消殺處理。結果就會造成菌袋大面積污染，有時甚至出現難以挽救的損失。

具體環境消殺的處理辦法是，將菇棚予以修整，揭掉草苫等覆蓋物，修補或更換棚膜后，地毯式噴灑賽百300倍溶液，并按800倍濃度噴施辛硫磷或毒辛藥物，然后密閉菇棚，暴曬2天-3天，再進行重復用藥一次。密閉2天后打開通風，接著按每平方米地面0.25千克用量均勻撒布石灰粉，之后即可將播種后的菌袋移入進行發菌。

首先，密切觀察菌種、菌袋生長期間病害發生情況。

其次，堅持剔雜。將染雜及疑似雜菌的問題菌種和菌袋剔出，另行處理，不得馬虎。

再次，初污染及時用藥。整個發菌期間，除了藥物預防病原菌外，還應密切觀察雜菌病害的“動向”，發現初始污染，立即予以徹底殺滅處理，不留后患。以前，有的菇民心存僥幸，將染病菌袋帶離棚外一扔了事。這種做法是不對的，已經染病的菌袋既污染環境、又形成新的污染源，使得來年的食用菌生產難以繼續，不符合農業可持續發展要求。因此，正確的做法是，使用賽百等藥物，按照說明兌配藥液，涂刷污染斑塊，或者直接對雜菌病害處撒施藥粉，將雜菌病害等徹底殺滅，以絕后患。

最后，出菇管理期間不要使用任何藥物。蘑菇出菇期間對藥物敏感，在此期間一定不要使用任何藥物，特別是不能對子實體噴灑化學藥物或激素等，以保證蘑菇食用安全。