1、菌種質量差：菌種的優劣是栽培成功的關鍵，許多菇農為了降低成本，憑種菇經驗自繁原種和生產種，或到一些技術力量薄弱、 管理混亂的私人菌種站購買菌種。他們生產出來的菌種勢必存在生活力低、容易退化、抗病力差、產量低等現象。

2、品種選擇不當：春夏菇的品種選擇尤其重要，一些菇農認為高溫品種菇形欠佳、產量一般而盲目選擇菇形、產量較好的廣溫品種進行春夏菇栽培。一旦遭遇連續高溫，便有不出菇問題。　　 

3、培養料滅菌不徹底：熟料栽培如果培養料滅菌不徹底，料內生存的雜菌會與食用菌菌絲爭奪養分，使其不能正常分解培養料而造成減產甚至生產完全失敗，很多菇農在這一環節上出問題，他們大多有自制的常壓消毒滅菌鍋，鍋頂沒有排氣孔，蒸汽難以上升到頂部，而由側門或鍋壁縫中逸出，死角大；也沒有溫度計插孔，對鍋內溫度不能準確監測，滅菌時間得不到保證，滅菌時間過短。

4、接種技術粗糙：熟料袋栽的接種過程幾乎與制種相同，要求無菌操作。而大多數菇農沒有固定接種室、發菌室。有的就在大棚或防空洞等栽培場地內，僅經一些簡單消毒，手抓接種、就地發菌或這邊發菌，那邊出菇，一些老菇棚、防空洞經過多年栽培，環境中各種雜菌、害蟲大量增加，極易造成病蟲害的發生蔓延。

5、其他問題：一是配料中石灰添加比例太大，影響平菇子實體形成。二是有些農戶只用一層報紙封口，起不到預防雜菌的作用，且受潮后極易破損。三是生長期為追求產量，澆水過勤，濕度太大，一遇高溫便出現爛菇，霉菌污染等情況。