隨著氣溫逐漸回升，危害食用菌的各種害蟲活動頻繁，不及時采取措施防治，會嚴重影響食用菌的產量和品質。 菇蚊和菇蠅主要取食菌絲和子實體，造成菌絲萎縮、培養料變黑，危害嚴重時導致子實體畸形、腐爛，誘發病害。螨蟲多取食菌絲，危害嚴重時出現“退菌”現象或菇蕾萎縮死亡，甚至造成培養料發霉、發臭。
      清潔環境菇房、培養室和培育場地環境要整潔衛生，鏟除場地周圍的雜草，以減少蟲源。 物理防治菇房內安裝紗門和紗窗，設置防蟲網和黏蟲板。用黑光燈、節能燈等光源誘殺害蟲。螨蟲用糖醋藥液誘殺。糖醋藥液按白糖、醋液、水1:10:10的比例混勻，滴入1-2滴敵敵畏。用紗布條或棉花浸濕藥液放在料面上，待螨蟲群集其上時取下燙死。 化學防治生產前結合場地整理滅蟲，可用敵敵畏熏蒸菇房，以減少蟲源。生產過程中定期滅蟲，栽培場地及四周用高效氯氰菊酯噴灑。
      1、石灰栽培蘑菇、草菇、瓶菇所用的稻草可用1％～2％的石灰水調至呈微堿性反應，又利防病很促進菌絲體的生長；采菇后也可用石灰上清液噴灑，有利產量的提高和防病。菇床培養料發現局部受木霉為害時，可用紗布包石灰粉，直接在污染處撒一薄層，可控制病害的擴展蔓延。棉塞受脈胞霉為害時，可將棉塞經火焰滅菌后，再在棉塞上撒石灰粉。段木栽培受一些大型真菌如紅栓菌等的為害時，在刮除子實體后，期刮傷面應及時用5％石灰水（或波爾水液）涂抹，防止再生。 
      2、硫磺菇房進料前的消毒，可用硫磺多點煙熏，劑量微5克/立方米，點燃硫磺后密閉48小時，過1～2天后進料。 
      3、煤油或柴油棉塞、膠布等處如發現有粉紅色的脈孢霉霉層時，應及時滴上適量的煤油或柴油，然后用薄膜包扎，可使霉層糜爛。 
      4、甲醛菌種袋或菌種塊層局部受木霉等雜菌污染時，可用2％甲醛溶液注射或涂抹。蘑菇培養料受胡桃肉狀菌感染時，應及時將受污染的培養料及覆*挖掉，，再用2％甲醛溶液噴灑感染的床面。 
      5、漂白粉菌袋局部發生木霉時，可用10％的漂白粉溶液涂抹。菇房四壁、地面、床架等使用前可用漂白粉水消毒，一般用量為0.5公斤漂白粉溶于75公斤水中。