貯存前干燥。有機食用菌的干燥主要是去除細胞間的游離水。為了便于貯藏，一般要求干品的水分控制在10-13％。
一般采用自然干燥或人工干燥的方法，其干燥過程是物料中水分汽化的過程，即水分子吸收能量從液態變為汽態。人工干燥主要是對流干燥，所需熱量是通過空氣或加熱干氣流的連續或間歇接觸而獲得，同時依靠這些氣流帶走物體中蒸發出來的水分，達到物料干燥的目的。應該注意的是有機食用菌干燥過度后，干品的含水量過低則硬脆，容易被擠壓破碎，影響外觀質量。
包裝。有機食用菌干品的商品包裝是貯藏養護的基本條件，它要求包裝材料干燥，封口嚴密，耐壓，防潮，隔濕，使干品能避免受外界環境的影響。一般采用食品塑料薄膜袋抽氣密封（或防潮紙）包裝，外用木箱或多層瓦紙箱包裝，箱外接縫處用膠帶紙封嚴。對價值昂貴的有機食用菌干品可采用馬口鐵箱，內襯防潮紙，封口用焊或膠密封的方法，可保持較長時間，但包裝價格高。
貯存。科學堆碼：在貯存中應輕搬輕放，切忌亂摔、亂堆碼，以2-2.5米高為宜。垛頂距天花板不少于80厘米，垛堆距墻壁30厘米。并留有空隙和走道，垛底可墊木樁通風防潮。
庫房管理：在商品入庫前或出完貯存品后，要對庫房或設備、器具進行消毒。堅決杜絕已經發生霉腐或含水量過高有霉腐危險性的商品入庫。
三防：有機食用菌干品的貯藏必須做到三防，即防潮、防霉、防蟲。由于干品極易吸濕返潮，應嚴格控制相對濕度在50-70％范圍內，箱內可放小袋包裝生石灰或干燥劑吸潮。干品受潮后會變軟，然后發熱，引起霉變，發生蟲蛀，導致嚴重變質。有機食用菌干品加工時，原料要挑選好，剔除腐爛變質的鮮菌，及時采收及時加工，以保證質量。
