【作者】劉林 李進斌 張悅 蘇源 楊靜 陳夢琪 李成云
【機構】農業生物多樣性與病蟲害控制教育部重點實驗室農業生物多樣性應用技術國家工程研究中心 云南農業大學植物保護學院 云南省農業科學院農業環境資源研究所
摘要：病原菌可以利用多種方式激活或者抑制蛋白激酶信號通路來增強其自身侵染力,在病原物與植物互作初期的信號識別和轉導中蛋白激酶扮演著重要的角色。已有研究結果表明灰色大角間座殼菌(稻瘟病菌)蛋白激酶基因中含有豐富的SSR。作者通過對灰色大角間座殼菌(稻瘟病菌)基因組中的89個蛋白激酶基因的外顯子區、內含子區、5′-UTR和3′-UTR區中的SSR進行了查找和分析,并對編碼區中SSR的擴張或收縮對蛋白結構的影響進行了預測。結果表明,SSR在基因的調控區和編碼區中的分布是不均一的,且這些基因的外顯子區、內含子區、5′-UTR和3′-UTR區中SSR的組成和分布也均不相同;基因的編碼區中三堿基和六堿基SSR相對較多,且SSR基序大都表現為GC含量較高,編碼的親水性氨基酸出現的頻率也遠遠高于疏水性氨基酸。通過病菌群體中變異幅度的檢測表明,幾乎所有的SSR序列都存在多態性。根據灰色大角間座殼菌(稻瘟病菌)自然群體中SSR的變化幅度,對SSR的擴張或收縮對蛋白二級結構的影響進行預測,發現SSR的擴張或收縮都可能對蛋白的結構產生影響。這暗示著SSR的變異在致病相關基因的變異中可能起著十分重要的作用。
基金：國家973項目(No2006CB100202)； 國家自然科學基金(No30860161/C14)；
關鍵詞：灰色大角間座殼菌(稻瘟病菌); 微衛星重復序列; 蛋白激酶; 編碼區; 調控區;