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    紫芝栽培品種‘武芝 2 號’(紫芝 S2)完成全基因組De novo測序及分析


    【發布日期】:2021-11-15  【來源】:易菇網
    【核心提示】:2021年11月9日,福建省農業科學院食用菌研究所創新團隊在《生物技術通報》在線發表研究論文,采用 PacBio SMART 技術并基于三代和二代數據(3+2 策略)完成紫芝栽培品種‘武芝 2 號’(原名:S2)(通稱‘紫芝 S2’)De novo 測序、組裝,獲得序列總長度 56.849 Mb 的全基因組。






    圖片來源:陳體強研究員

    2021年11月9日,福建省農業科學院食用菌研究所創新團隊在《生物技術通報》在線發表研究論文,采用 PacBio SMART 技術并基于三代和二代數據(3+2 策略)完成紫芝栽培品種‘武芝 2 號’(原名:S2)(通稱‘紫芝 S2’)De novo 測序、組裝,獲得序列總長度 56.849 Mb 的全基因組,包括72條 Scaffolds,其中71條Scaffolds構成核基因組,另外1條(序列長度 85.389 kb)為完整的線粒體基因組。其中,核基因組16681個基因,完成13161個基因的注釋(約占總數的 78.89%),預測分析到4 組串聯重復的 rRNA基因簇(18S,5.8S,28S,5S rRNA )、405個非編碼 RNA和 3305個啟動子,并找到 rpb2、beta-tubulin、terf-1α、CaMMn-SOD等基因序列以及漆酶同工酶基因,鯊烯合酶、羊毛甾醇合酶基因與麥角甾醇合成代謝相關基因、交配型基因座mat A&B及其分布位置,并發現一種新的真菌免疫調節蛋白fip編碼基因。為今后紫芝栽培品種(系)分子鑒定與菌株鑒別、功能基因的挖掘與利用提供可靠信息,同時也為其后續開展中國栽培靈芝種類的比較基因組學分析積累科學數據。

    據悉,‘武芝 2 號’是目前國內唯一實現商品化栽培的紫芝品種,于2005年從福建省野生紫芝種質資源中選育得到,2012年通過福建省非主要作物品種認定;近年來,在福建、廣東及廣西等地推廣應用形成年產量達3000噸以上的規模化栽培。該基因組計劃始于2018年,依托特色食用菌繁育與栽培國家地方(福建省農業科學院)聯合工程研究中心、福建省農業科學院藥用植物研究中心、福建農林大學和中國醫學科學院藥用植物研究所的科研平臺完成。

    作者簡介:陳體強,福建省農業科學院,研究員。1989年起從事閩產赤芝、紫芝、建青黛等藥用真菌與中藥材研究逾30年。先后發表60多篇有關靈芝研究論文,其中15篇SCI收錄,出版《福建原木靈芝研究》專著1本,獲得國家發明專利1項、栽培品種認定1個,先后有4項靈芝科研成果獲得(2007、2012、2013、2014年)福建省科學技術獎。近年來,先后在福建中醫藥大學藥學院、福建農林大學食品科學學學院、華僑大學生物醫學學院擔任過校外研究生導師;現為中國菌物學會靈芝與健康產業分會理事、福建省微生物學會藥用真菌專業委員會副主任委員、福建省藥學會中藥與天然藥物專業委員會常務委員。

     
    關鍵詞: ‘武芝 2 號’ 測序
     
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