因羊肚菌營養很豐富，味道很香，特別是菌絲生長階段發出一種特殊的香味，很多害蟲都喜歡吃菌絲，目前害蟲已成為羊肚菌成敗及產量的關鍵，羊肚菌的害蟲主要有跳蟲、菌蚊和蛞蝓，這幾種蟲都喜歡吃羊肚菌的菌絲，特別是跳蟲危害羊肚菌菌絲最嚴重，跳蟲體積很小，肉眼很難看見，一般在播種后10多天都會發生，主要是由跳蟲的成蟲飛來產卵，繁殖的小幼蟲，幼蟲潛伏在土壤中專吃菌絲，數量多，繁殖快，它不怕冷、不怕熱、不怕水、不怕旱，是一種很頑固的害蟲，防治相當困難，給羊肚菌生產帶來毀滅性的災害，甚至可造成羊肚菌的減產和絕收。
       蛞蝓俗稱鼻涕蟲，系軟體動物，身體裸露，無外殼。其畏光怕熱，白天躲在磚、石塊下面及土縫中，黃昏后陸續出來取食為害，天亮前又躲起來。
      菌蚊以幼蟲期為害最大，除在培養料表面蛀食外，有的還結網罩住菇蕾，使菇體不能正常生長。

病蟲害發生時一般菇農會選擇用農藥殺蟲，農藥的使用除了容易殘留造成食用菌毒害，由于羊肚菌出菇前脆弱敏感，還很容易刺激到菌絲，抑制羊肚菌的生長。這也是羊肚菌產量普遍很低的原因之一。
      要想完全消滅跳蟲，菌蚊，蛞蝓這三大羊肚菌的主要害蟲，又不影響羊肚菌的菌絲生長和子實體發育，是當前一件很困難的事。對病蟲害的防止我們始終強調“預防為主、治療為輔”，強調規范化操作，發菌階段加強管理讓菌絲健壯有力，出菇階段調好溫、濕、光等創造讓子實體生長最有利的條件，讓其減少病害侵入的機會。
      尤其是在土壤中播種，保持場地環境衛生，提前使用em菌消毒液噴灑土壤，殺滅病菌害蟲，為羊肚菌生長提供一個安全的環境。在拌料是加入菌菇生態寶，讓羊肚菌菌種在良好的營養環境中快速分化成長，內部優勢強大減少病蟲害的入侵機會。