培養料處理是食用菌栽培工藝中的重中之重，是栽培成敗、產量高低的關鍵所在。最早人們栽培蘑菇，采用自然發酵處理的培養料，往往由于發酵不徹底，致使有益菌不能得到充分繁殖，而造成雜菌污染嚴重。后來，在前發酵的基礎上，將培養料移入密閉的菇房（棚）內，通入蒸汽，通過人工控制溫度，減少了雜菌的污染。但這種方法費工、費時、耗能，成本增加，效益低下。近幾年，發酵劑在食用菌培養料中得到應用，在生產中取得了好的效益。應用發酵劑的優點，主要表現在： 

    （一）料溫變化。發酵劑發酵料溫迅速上升至60℃以上，如金寶貝發酵劑可在兩三天內達到60-70℃。于是，不僅殺死了雜菌，而且也殺死了大部分蟲卵。

    （二）培養料中微生物的變化。發酵劑發酵，培養料中有益細菌、真菌、放線菌、固氮菌等繁殖快，數量多，尤其是放線菌是二次發酵的100倍以上，大量有益菌“先入為主”，占領陣地，擠占了雜菌生存空間。正因為有益菌群的數量多，菌群活動產生的熱量也多，所以料溫在短時間內能夠迅速上升并長時間保持。同時，有益菌群的代謝物--抗生素也是抵卸雜菌卷土重來的屏障。

    （三）培養料中營養成分的變化。培養料在發酵過程中，由于發酵劑中微生物群的作用，分解纖維素的真菌和放線菌大量繁殖，使培養料中纖維素的含量逐漸減少，可溶性糖的含量逐漸增加，碳氮比值更合適，游離態的蛋白質轉化為適合食用菌菌絲生長的菌絲蛋白，食用菌菌絲生長更加健壯。如使用金寶貝發酵劑，可使食用菌增產20—30%。

    （四）拓寬了原料資源和糞肥加入量。食用菌栽培多以棉殼為主料，而大量的農作物秸稈往往就地焚燒，污染環境，其主要原因是常規發酵秸稈發酵不完全，纖維素不能很好地分解轉化，食用菌菌絲不易吸收，致使產量不高。發酵劑的使用，解決了這一難題。 雞、鴨等禽類糞肥屬熱性糞肥，營養豐富，常用于所有食用菌栽培的輔料，牛糞是冷性肥料，養分低，常用于雙孢菇、巴西蘑菇和草菇的栽培輔料；豬糞、蠶糞屬冷性肥料，營養豐富，常用于多種食用菌栽培的輔料。由于常規發酵往往發酵不完全，常導致病蟲危害嚴重或“燒菌”現象發生，同時加入量少。隨著麩皮、餅肥價格的上漲，用發酵劑發酵以糞肥替代麩皮、餅肥增加培養料“氮源”是很好的途徑，且用發酵劑發酵可適當增加糞肥的加入量。 發酵劑的使用，可對廢料進行再利用。熟料或生料栽培失敗的料袋或陳舊料、污染料以及栽培過其它菇類未污染的廢菌棒，均可加入一定比例的新鮮料，經發酵劑處理后仍可栽培其它菇類。 發酵劑的使用，可將熟料栽培改為發酵料栽培，如金針菇、白靈菇、香菇、杏孢菇，可起到降低成本、減少污染、易操作、提高產量的目的。