在食用菌栽培過程中，競爭性雜菌往往與食用菌結伴而生，它與食用菌菌絲競爭生長，污染培養料或栽培料，常常導致菌種制作失敗和栽培減產，嚴重的甚至絕收。因此，在食用菌菌種生產和栽培過程中，防止雜菌污染極為重要，也是提高食用菌生產經濟效益必不可少的重要措施。
　　各類食用菌在制種期的病害，均有共同之處，多數是因為滅菌不徹底或沒有嚴格執行無菌操作所造成的，病原菌污染食用菌的菌絲體，致使菌種不純而報廢。而發菌期的病害則會因為栽培方式不同有很大的差別，同一種栽培方式，盡管所栽培的食用菌品種不同，但病害種類及其發病規律仍有共同之處：如袋栽和瓶栽，發菌期以霉菌和細菌污染為主，與制種期病害相似。而椴木栽培發菌期以大型真菌的污染為主，霉菌次之。菇床栽培發菌期卻以土傳病害為主，培養基質帶菌次之。而且發菌期發生的病害，很多種類還可延續至食用菌子實體形成期繼續為害，直接侵害子實體而造成嚴重的經濟損失。
　　其發病原因具體講述如下：
　　①料袋或料瓶制作不當。如：用作培養料的原材料受潮發霉；培養料含水量過大；料壓的過實，通風不良；料袋裝的太滿；袋口扎口不緊。
　　②培養基質滅菌不徹底。具體表現為：瓶壁或袋壁上出現不規則的雜菌群落。往往是由于滅菌時間或壓力不夠；還有的是由于滅菌時鍋內菌袋排放過多或擺放不合理，致使蒸汽循環受阻而造成滅菌不徹底；或是由于高壓蒸汽滅菌時冷空氣沒有排凈，形成了假壓現象等等。
　　③菌種本身帶有雜菌。具體表現為：接種后菌種塊上或其周圍污染雜菌。有時是母種或原種帶有雜菌，但雜菌已被培養的菌種覆蓋，這樣的菌種擴接后常常會造成一批菌種污染，其污染的雜菌種類也比較一致。
　　④接種操作中的污染。此類污染常出現在同批菌種培養料的表面，主要是由于接種室或接種箱等消毒場所消毒不徹底；或接種時無菌操作不嚴格，將雜菌的孢子帶入試管或瓶、袋中，形成的污染。
　　⑤菌種或栽培袋發菌過程中污染。滅菌時棉塞等封口材料受潮，或環境條件不適宜，如高溫高濕、通風不良等可導致封口材料受潮，引起雜菌污染；或培養基及其周圍環境不衛生，雜菌基數太高，初侵染源豐富，致使本來沒有污染的菌種在栽培過程中受污染，可造成大批污染。
　　⑥出菇期污染。出菇階段管理不當，如出菇室環境不衛生或管理時噴水過大，空氣相對濕度高，再加上環境通風不良、溫度偏高等都是引起雜菌發生的主要原因，尤其是采完第一潮菇后，料面不清理，很容易造成雜菌污染。
　　⑦破口污染。滅菌操作或運輸過程中不小心，使菌袋破裂或出現微孔；或由于鼠害等使菌袋破損而造成污染。