1、胡桃肉狀菌，是蘑菇覆土上長的雜菌，培養料發酸、發黑、發粘、不長菇，具有較濃漂白粉味道。主要是由于菇房和培養料不透氣，而后遇高溫、高濕而爆發，或是培養料堆制過熟、糞肥過多、含N偏高。防治胡桃肉狀菌的方法主要應加強菇房通風透氣，對覆土材料嚴格消毒，培養料堆制采用二次發酵。
2、蘑菇粉孢霉，發生在蘑菇栽培中、后期覆土層中，初期菌絲短而細，菌絲旺盛，似棉絮狀，后期菌絲萎縮，呈灰白色，最后產生橘紅色的菌絲，致使出菇稀少或不出菇。防治方法可采用0.1％甲基托布津噴灑，往返三遍，5天后可再用800倍多菌靈液再噴一次。
3、石膏霉(白色石膏霉和褐色石膏霉)，感染石膏霉后，培養料發黑，產生惡臭，菌絲受抑制，一旦發生會使蘑菇產生絕收。主要原因是在建堆時加入了過多的石膏或石灰，發酵不良引起，可采用過磷酸鈣溶液噴酒，降低PH值，也可用500倍多菌靈或1:7醋酸或5％石炭酸溶液噴霧，控制其發展，不影響出菇。
4、鬼傘：培養料不新鮮，高溫、高濕、培養料中存有游離氨、糞肥未轉化，鬼傘便會大量發生。防治：培養料使用前在烈熱下爆曬1-2天，用l％—2％的石灰水浸泡，同時增加接種量，鬼傘發生時應及時摘除鬼傘，并可采用明礬水中和培養料中的氨。
