該所隸屬上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院，1960年建所。1966年與園藝所合并為食用菌大組，1978年恢復(fù)建所。下設(shè)機構(gòu)有：食用菌遺傳育種農(nóng)業(yè)部部級重點實驗室、遺傳育種研究室、藥用菌研究一室、二室、食品加工研究室、菌種保藏中心、信息中心、液體酵研究組、所開發(fā)部、菌種廠、制品廠、中國微生物菌種保藏管理委員會農(nóng)業(yè)微生物中心上海食用菌分中心、上海萊福多糖制品有限公司、上海南華菌覃科貿(mào)公司、上海食用菌技術(shù)開發(fā)中心、上海農(nóng)林食用菇類有限公司、中國農(nóng)學(xué)會食用菌分會。試驗面積 0.4公頃，建筑面積5388平方米，科研用房 1911 平方米。萬元以上科研儀器設(shè)備共17臺(件)，價值共 100余萬。　　　　　　　　　　　　　　　　

現(xiàn)有職工99人，退休職工25人。其中在職專業(yè)技術(shù)人員51人， 行政人員9人，工人39人。專業(yè)技術(shù)人員中具有初級專業(yè)技術(shù)職務(wù)26人,中級專業(yè)技術(shù)職務(wù)12人,高級專業(yè)技術(shù)職務(wù)13人。

該所主要從事食用菌的種質(zhì)資源保藏、鑒定、馴化研究。利用生產(chǎn)技術(shù)、生物工程等手段進行新品種選育和栽培技術(shù)及保鮮加工、保健食品和藥用菌的研究和產(chǎn)品開發(fā)。