該所隸屬上海市農業科學院，1960年建所。1966年與園藝所合并為食用菌大組，1978年恢復建所。下設機構有：食用菌遺傳育種農業部部級重點實驗室、遺傳育種研究室、藥用菌研究一室、二室、食品加工研究室、菌種保藏中心、信息中心、液體酵研究組、所開發部、菌種廠、制品廠、中國微生物菌種保藏管理委員會農業微生物中心上海食用菌分中心、上海萊福多糖制品有限公司、上海南華菌覃科貿公司、上海食用菌技術開發中心、上海農林食用菇類有限公司、中國農學會食用菌分會。試驗面積 0.4公頃，建筑面積5388平方米，科研用房 1911 平方米。萬元以上科研儀器設備共17臺(件)，價值共 100余萬?！　　　　　　　　　　　　　　　?/p>

現有職工99人，退休職工25人。其中在職專業技術人員51人， 行政人員9人，工人39人。專業技術人員中具有初級專業技術職務26人,中級專業技術職務12人,高級專業技術職務13人。

該所主要從事食用菌的種質資源保藏、鑒定、馴化研究。利用生產技術、生物工程等手段進行新品種選育和栽培技術及保鮮加工、保健食品和藥用菌的研究和產品開發。